Erst im 19. Jahrhundert verschwand mit dem Rückgang des Kircheneinflusses und schließlich der allgemeinen staats- und gesellschaftspolitischen Freigabe des „Zweifels“ die allgemeinste Ursache der Freidenkerei, nämlich die Aufgabe, die Fackel der Aufklärung in die Kultur zu tragen, um dort das Dunkel auszuleuchten. Friedrich Nietzsche hat im Jahr 1880/81 „Freidenker“ allgemein charakterisiert, zeitgleich mit der Gründung der „Brüsseler-Freidenker-Internationale“ und des „Deutschen Freidenkerbundes“, was ihm wohl unbekannt blieb. Er meinte, es würden diejenigen zu Freidenkern, denen „schon ein Ausdenken und Aussprechen von verbotenen Dingen … Befriedigung gibt“. Er unterscheidet sie strikt von den „Freitätern“, die er höher schätzt.
Seit der Renaissance traten immer wieder Einzelpersonen als Freidenker auf und im 19. Jahrhundert entstanden die ersten Organisationen über Philosophenzirkel hinausreichend, aus deren proletarischem Zweig zum Beginn des 20. Jahrhunderts der Name „Freidenkerbewegung“ bis heute tradiert ist. Sie erstarkte und ging zurück mit der Arbeiterbewegung.
Das Arbeitsfeld Freidenkerei widmet sich innerhalb dieses großen Gebietes drei Bereichen: